Obwohl Gartenschläfer in weiten Teilen Europas zuhause sind, kennt kaum jemand die Bilche mit Zorro-Maske und Knopfaugen. Entsprechend wenige Menschen bemerken anfangs das plötzliche und unerklärliche Verschwinden der Tiere. Aber als sich, selbst aus klassischen Gartenschläfer-Hochburgen wie dem Fichtelgebirge, Vermisstenanzeigen häufen, schlagen Forschende und Naturschützende Alarm. In Windeseile schließen sich der Bund für Umwelt- und Naturschutz, das Senckenberg Forschungsinstitut und die Universität Gießen zu einer Sonderkommission beispielloser Art und Größe zusammen. Als „SOKO Gartenschläfer“ wollen sie herausfinden, wie viele Gartenschläfer wo und warum verschwinden. Auch die Bevölkerung ist zur Mithilfe aufgerufen: Hobbydetektive betreuen Gartenschläfer-Beobachtungsanlagen und melden Sichtungen. Studierende statten Gartenschläfer wie Undercover-Agenten mit Sendern aus, um mehr über Gefahrenquellen im Lebensalltag der nachtaktiven Allesfresser zu erfahren. Eine Tierärztin obduziert die Leichen von Gartenschläfern, während Wildtierstationen deren Waisen versorgen. Toxikologen untersuchen derweil entnommene Gewebeproben auf Umweltgifte. Andere forensische Spezialeinheiten suchen im Mageninhalt nach entscheidenden Hinweisen oder analysieren genetische Spuren. Die Ermittlungen laufen auf Hochtouren, denn die Zeit ist knapp. Nur wenn die „SOKO Gartenschläfer“ diesen rätselhaften Fall rechtzeitig aufklärt, kann die Tierart vielleicht noch gerettet werden.